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Ubuntu 9.10 Desktop に gFTP をインストールして使ってみました。
インストールは、UbuntuソフトウェアセンターからgFTPで検索すれば見つかります。

gFTP を起動して、ホスト、ユーザー名、パスワードを入力し、左上のアイコンをクリックすると、右のように指定したホストに繋がります。

ホストからローカルにファイルをダウンロードするには、右のように、ホストのファイルを選択して、右側のローカルのウィンドウでダウンロード先のディレクトリを指定してから、←のアイコンをクリックすればOKです。
この例では、wp-config-sample.phpというファイルをダウンロードしました。
アップロードは、この逆のことをすれば良いということになります。

SSH接続もできます。
ファイルの削除やパーミッションの変更等は、ファイルを指定して右クリックのメニューから選択します。
全体としてだいたい直感的に操作できるようになっています。