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有名なアンチウィルスアプリのClamAVをインストールします。

インストール
$ sudo aptitude install clamav

最新のパターンファイルを取得
$ sudo freshclam

設定ファイルの編集
$ sudo nano /etc/clamav/clamd.conf　
User clamavをコメントアウトして、#User clamavとする。

自動起動の設定
$ sudo aptitude install sysv-rc-conf ← sysv-rc-conf をインストールしていない場合

$ sudo sysv-rc-conf
　　=> メニュー式の起動設定画面　で適切なランレベルをセットします。
$ sudo sysv-rc-conf -list
　　=> サービスの起動設定状態一覧を出力で確認します。

clamav-fresh 0:off 1:off 2:on 3:on 4:on 5:on 6:off となっていることを確認します。

スキャン
システム全体をスキャンする場合（時間がかかります）
$ sudo clamscan -r /

ホームディレクトリ以下をスキャンする場合
$ sudo clamscan -r ~/
スキャン結果です。
———– SCAN SUMMARY ———–
Known viruses: 734201
Engine version: 0.95.3
Scanned directories: 156
Scanned files: 1656
Infected files: 0　←　ウィルスの検知数
Data scanned: 106.73 MB
Data read: 33.65 MB (ratio 3.17:1)
Time: 117.499 sec (1 m 57 s)

サービスの停止
$ sudo /etc/init.d/clamav-freshclam stop

サービスの開始
$ sudo /etc/init.d/clamav-freshclam start

参考サイト
　アンチウィルスソフト ClamAV の導入