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このサイトのちょっと特殊な処理をしているPostgalleryページとPostslideshowページでWordpres3.0にアップグレードするとページングを行ってくれるプラグインのWP-Pagenaviがうまく動かなくなってしまいました。
具体的には、１，２ページ目は問題ないのですが、３ページ目以降をクリックすると404エラーになってしまうというものです。
Wordpress2.9.2では問題なく動きます。

いろいろと試行錯誤してみると、Custom Posts Per Pageという、ページごとに表示件数を変更できるプラグインが原因と分かりました。このプラグインを停止するとWordpres3.0以降でも、WP-Pagenaviｄでまったく問題なくページング処理できるようになりました。
そこで、Custom Posts Per Pageに代わる、ページごとに表示件数を変更できる他のプラグインを探してみました。

Custom Posts Limitsというプラグインがより、高度な機能を提供してくれます。
インストール・有効化して、右のようにセッティングすることで、問題を解決できました。